Lyra adore lire sur les toits de son collège en compagnie de son daemon Pantalaimon. Un jour, tous deux sauvent de justesse le daemon oiseau d'une sorcière, tandis qu'il est attaqué par des milliers d'étourneaux. La créature prétend que sa sorcière est malade et que seul un vieil alchimiste peut lui venir en aide. La nuit venue, Lyra et les deux daemons partent à la recherche de cet homme dans les dédales des rues de la ville sous un ciel des plus menaçant...