À Copenhague, au XIXe siècle, un jeune adolescent enquête sur la mort de son père, un ancien fonctionnaire du ministère du Livre chargé de la censure. Placé sous la protection de Mortimer, un détective qui restaure les livres à ses heures perdues, il est un jour contacté en secret par un membre de la Bibliothèque. Celle qui, d’après le mythe, est censée recueillir tous les ouvrages interdits par le ministère. L’adolescent apprend non seulement que son père était membre de cette association, mais aussi que cette fameuse Bibliothèque est virtuelle. Elle n’existe que grâce au rêve collectif fans lequel des innocents sont obligés de plonger, pour l’éternité. Persuadés que la femme de Mortimer est retenue prisonnière, le détective et son jeune protégé partent en guerre contre la Bibliothèque …